การตรวจสอบการทุจริตเงินทอนวัดที่กำลังจะมีการร้องทุกข์กล่าวโทษให้ดำเนินการในเฟสที่ 3 แล้วนั้น พบว่าเงินทอนที่เกิดขึ้น มาจากการทุจริตงบอุดหนุนจากสำนักพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ที่แต่ละปีได้รับงบจัดสรรจากรัฐบาลปีละหลายพันล้านบาท ติดตามรายละเอียดได้จากรายงาน
งบอุดหนุนเป็นหนึ่งในงบประมาณแผ่นดินที่ถูกจัดสรรให้กับสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ หรือ พศ. เป็นประจำทุกปี แต่ละปี พศ. มีงบประมาณรายจ่ายปีละราว 5 พันล้านบาท โดยแบ่งดังนี้
การจัดสรรงบอุดหนุนให้กับวัด ตั้งแต่ปี 2558 จนถึงปัจจุบัน ใช้วิธีการโดยให้วัดทำเรื่องเสนอของบประมาณ มายัง พศ.จังหวัด จากนั้นจะส่งต่อให้ พศ. กลางพิจารณา ก่อนที่งบจะถูกส่งกลับไปยัง พศ.จังหวัด หรืออาจส่งตรงไปที่วัดโดยตรง ในรูปแบบการโอนผ่านบัญชี แต่ก่อนหน้านี้เป็นรูปแบบการทำเรื่องตรงและโอนงบตรงระหว่างวัดและพศ. กลาง งบที่ถูกโอนให้กับวัดหลายแห่ง จะปรากฏว่ามีผู้ไปขอทอนเงินคืนจากพระมากกว่าร้อยละ 80
การตรวจสอบทุจริตเงินทอนวัด พบความเคลื่อนไหวในลักษณะขอเงินทอนตั้งแต่ปี 2555 ถึง 2559 ที่อยู่ภายใต้การกำกับดูแล โดยอดีตผู้อำนวยการสำนักพระพุทธศาสนา 2 ราย คือนายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ และนายพนม ศรศิลป์ ซึ่งปรากฏชื่อคนในเครือข่ายการทุจริตพบเป็นกลุ่มเดียวกัน ที่มีทั้งอดีตข้าราชการพศ. ข้าราชการพศ. ที่ปัจจุบันถูกปรับย้ายตำแหน่งไปแล้วถึง 9 คน พลเรือนที่เป็นเครือญาติ รวมทั้งพระที่มีตั้งแต่เจ้าคณะอำเภอ เจ้าคณะจังหวัด และสูงสุดในระดับเลขานุการเจ้าคณะใหญ่หนกลาง รวมทั้งสิ้นในเครือข่ายทุจริตเงินทอนวัด 24 ราย ที่ถูกแจ้งดำเนินคดีทั้งอาญา และฟอกเงินไปแล้ว