การขึ้นบัญชีดำสายการบินอินโดนีเซีย เริ่มขึ้นเมื่อปี 2007 ทำให้สายการบินอินโดนีเซียทั้งหมด ถูกห้ามบินผ่านน่านฟ้าประเทศในกลุ่มสหภาพยุโรป โดยพิจารณาถึงอุบัติเหตุหลายครั้ง และมาตรฐานความปลอดภัยที่ย่ำแย่ลงต่อเนื่อง จากการผ่อนคลายกฎระเบียบ ของอุตสาหกรรมการบินในอินโดนีเซียช่วงปลายทศวรรษที่ 1990
ทั้งนี้ ช่วงหลายปีที่ผ่านมา สหภาพยุโรปทยอยได้ยกเลิกข้อห้ามกับสายการบินของอินโดนีเซีย 7 สายการบิน ได้แก่ สายการบินการูดา อินโดนีเซีย สายการบินประจำชาติ, สายการบินต้นทุนต่ำอย่างซิติลิงค์ รวมถึง ไลออน แอร์ และ แอร์เอเชีย ทำให้มีสายการบินอินโดนีเซีย ที่ถูกขึ้นบัญชีดำเหลืออีก 55 สายการบิน แต่มีเพียงสายการบินการูดาเท่านั้น ที่มีเที่ยวบินไปประเทศในกลุ่มสหภาพยุโรป ทั้งนี้ ทางการเตือนพลเมืองยุโรปไม่ให้ใช้บริการสายการบินอื่นของอินโดนีเซียสำหรับการเดินทางภายในประเทศ เพื่อไปยังจุดหมายปลายทางทางท่องเที่ยวเช่น บาหลี หรือ แหล่งท่องเที่ยวทางวัฒนธรรมอย่าง ยอกยาการ์ตา
สำหรับอุบัติเหตุทางการบินที่ร้ายแรงของอินโดนีเซียนั้น อาทิ เมื่อปี 2014 เครื่องบินสายการบินแอร์เอเชีย เที่ยวบินที่ QZ8501 เส้นทางการบินระหว่าง เมืองสุราบาา ไปยัง ประเทศสิงคโปร์ ประสบเหตุตกในทะเลชวา คร่าชีวิตลูกเรือและผู้โดยสาร รวม 162 ราย ซึ่งโศกนาฏกรรมครั้งนี้ ทำให้ทางการอินโดนีเซียได้เพิ่มความพยายามในการปรับปรุงความปลอดภัยทางอากาศ ไม่ว่าจะเป็น เพิ่มราคาตั๋วเที่ยวบินขึ้นเล็กน้อย และลงโทษนักบินที่ฝ่าฝืนกฎระเบียบการบิน